1958年7月，岳阳楼文物管理所成立，为我市第一个专职​文物管理机构。1973年4月，原岳阳地区革命委员会发文成立“岳阳地区文物领导小组”。1979年成立岳阳市文物管理所，1984年岳阳市博物馆成立，1985年成立岳阳地区文物工作队，1985年，岳阳市成立“文物管理委员会”。1986年3月，根据国务院批示，撤销原岳阳行署并入岳阳市，原地区文物工作队与市文物管理所合并，以一套人马使用两块牌子，具体负责全市的文物保护管理工作。

1994年由原市博物馆和市文物管理所合并成立岳阳市文物管理处，具体负责全市的文物行政执法和业务指导。1999年岳阳博物馆新馆建成并使用。2007年批准为参公单位，并加挂岳阳博物馆、岳阳市文物考古研究所牌子，为三合一的复合型机构，2011年升格为副处级参公事业单位。2013年加挂“湖南洞庭湖博物馆”牌子。2018年机构改革，岳阳市文物管理处行政职能归入岳阳市文广新局，成立文物科和博物馆科；文物行政执法职能归入岳阳市文化行政执法局，成立文物执法大队；在文物处二级机构岳阳市文庙管理所的基础上成立岳阳市城区文物保护中心；整合岳阳博物馆和岳阳市文物考古研究所成立“岳阳市博物馆”，加挂“岳阳市文物考古研究所”牌子。

    如今岳阳市博物馆（岳阳市文物考古研究所）内设办公室、展览教育部、考古部、征集保管部、文创办5个部室，负责岳阳市博物馆的日常管理和运营工作，组织开展馆藏文物、博物馆学术研究；对馆藏文物按有关规定进行妥善保管；举办陈列展览，负责本地区文物征集、文物资料和档案的搜集和研究；配合本地区基本建设进行考古调查、勘探和发掘，并对出土文物以及古建筑进行保护管理和考古研究；并承办市委、市政府和上级主管部门交办的其他事项。